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在网络架构上，BioMD 直接在全原子笛卡尔坐标上工作，由 SE (3) 等变图 Transformer 编码初始构象的空间几何约束，再由 FlowTrajectoryTransformer 在整条轨迹上同时建模帧内原子交互（AttentionPairBias）与跨帧时序依赖（TemporalAttention）。

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